不同類型、不同嚴重程度的感染都會改變腸道菌群的原有穩態，多數情況下會造成菌群多樣性下降、有害菌占比升高，嚴重感染或反復感染后還可能留下長期的菌群結構異常，僅少數輕度一過性感染能在短期內恢復至原有狀態。
1. 急性感染會直接或間接破壞原有菌群結構。不管是諾如病毒、沙門氏菌這類腸道原發感染，還是肺炎、泌尿系統感染這類腸外感染，都會擾亂腸道的內環境：腸道感染中病原體直接入侵腸道定植，會通過養分競爭、毒性物質殺傷等方式淘汰大量原籍有益菌，短時間內讓致病菌占據優勢；腸外感染引發的全身炎癥反應，會改變腸道的酸堿度、氧分壓和黏液分泌狀態，原本占優勢的厭氧有益菌難以存活，兼性厭氧的有害菌則會趁機大量繁殖，最終快速拉低腸道菌群的整體多樣性。
2. 嚴重感染會留下長期的菌群失調后遺癥。多數人感染消退、癥狀消失后，腸道菌群就能逐步恢復，但如果感染程度較重，原本腸道中的核心有益菌（比如 Akk菌、雙歧桿菌、糞桿菌這類對維持穩態至關重要的菌種）可能***失去定植優勢，難以自行恢復到原有豐度，有害致病菌反而會長期占據腸道生態位，形成持續的低豐度、結構紊亂的菌群狀態。這種長期失調不僅會引發反復的腹脹、便秘或腹瀉，還會升高后續患炎癥性腸病、腸易激綜合征甚至肥胖、糖尿病等代謝疾病的風險。
3. 感染對腸道菌群的影響程度存在明顯個體差異。本身免疫力正常、感染程度輕的人群，通常1~2個月就能讓腸道菌群恢復到感染前的狀態；但免疫功能低下、本身就有基礎腸道疾病、反復發生感染的人群，菌群紊亂往往會持續數年甚至終身。如果感染治療過程中使用了廣譜抗生素，相當于給了腸道菌群雙重打擊，對菌群多樣性的破壞程度會遠大于感染本身，但若能在感染后及時通過飲食調整、益生菌補充等方式干預，也能大幅縮短菌群恢復的時間。
