腸道菌群失調既可以發生在大腸，也可以發生在小腸，臨床上以大腸菌群失調更為常見，小腸菌群失調也并不少見，多以小腸細菌過度生長為主要表現。

　　1、大腸是人體腸道菌群最主要的聚居部位，正常情況下大腸內菌群密度高、種類豐富，參與糞便形成、維生素合成等多種生理過程，同時也更容易受飲食刺激、抗生素使用、腸道炎癥等因素影響發生菌群紊亂，是菌群失調最常發生的部位，常見的因菌群失調引發的腹瀉、便秘、排便不規律等問題，大多都和大腸菌群失調有關。

　　2、小腸本身的生理環境不利于大量細菌長期定植，正常情況下小腸內菌群密度很低，只有少量過路菌，因此過去小腸菌群失調很容易被忽略。但現在臨床研究發現，當存在小腸動力異常、胃酸分泌減少、腸道結構改變（比如腹部術后粘連）等問題時，遠端大腸的細菌會移位進入小腸大量繁殖，引發小腸菌群失調，也就是臨床上常說的小腸細菌過度生長，會引發持續腹脹、腹痛、餐后不適、脂肪吸收不良等問題。

　　3、兩者并不是完全獨立的，很多慢性腸道問題患者會同時存在大腸和小腸的菌群失調，比如長期便秘的患者，既存在大腸有害菌過度增殖，也可能因為糞便滯留、腸道動力紊亂繼發小腸細菌過度生長，調理和治療時也需要兼顧整體腸道菌群的平衡，不能只針對單一部位調整。