急性胃腸炎臨床主要需與急性細菌性痢疾、急性闌尾炎、急性胰腺炎三類疾病鑒別，具體鑒別要點如下：

　　1.急性細菌性痢疾：二者都存在急性腹痛、腹瀉、嘔吐的相似表現，但典型的急性細菌性痢疾會排出黏液膿血便，多數伴隨明顯里急后重感，高熱、乏力等全身中毒癥狀也比普通急性胃腸炎更重，通過糞便培養檢出志賀桿菌即可明確區分。

　　2.急性闌尾炎：急性闌尾炎發病早期，常會先出現上腹痛、惡心嘔吐等和急性胃腸炎高度相似的癥狀，很容易混淆。但隨著病情發展，闌尾炎的疼痛會逐漸轉移并固定在右下腹，右下腹會出現固定壓痛、反跳痛，做腹部超聲或CT檢查能發現腫大發炎的闌尾，可借此鑒別。

　　3.急性胰腺炎：急性胰腺炎也常以急性上腹痛、惡心嘔吐起病，很多患者初發時會誤當成急性胃腸炎處理。但急性胰腺炎的腹痛多是持續性加重的劇痛，還可向腰背部放射，抽血檢查會發現淀粉酶、脂肪酶升高超過正常值3倍以上，腹部CT可見胰腺腫脹滲出，能明確和急性胃腸炎區分。