目前臨床上并沒有統一標準能明確界定腸道益生菌缺乏多少，不同個體的腸道菌群基線差異極大，只能輔助判斷是否存在益生菌失衡。

　　1 個體腸道菌群的本底差異大，不存在通用的量化判定標準。不同年齡、飲食習慣、生活地域的健康人群，腸道內益生菌的種類、占比差別非常大，比如母乳喂養的健康嬰兒，雙歧桿菌這類核心益生菌占比可高達50%~70%，而健康成年人的雙歧桿菌占比通常只有5%~15%，沒法用一個固定數值套用到所有人身上判斷缺乏程度。

　　2 現有的醫學檢測只能判斷是否失衡，無法給出“缺乏多少”的精準結果。目前常用的糞便菌群檢測，只能對比受檢者和健康人群的菌群差異，判斷益生菌的豐度、種類是否遠低于健康平均水平，只能得出“益生菌不足”的定性結論，沒法得出具體缺乏多少比例或多少數量的定量結果。

　　3 日常可通過自身癥狀初步判斷是否存在益生菌缺乏傾向。如果排除了腸道器質性病變后，仍然長期存在腹脹、便秘腹瀉交替、消化不良、排便不規律等問題，基本可以判斷存在益生菌不足的情況，可適當通過飲食或補充劑調整。