菌群失調主要是藥物影響、不良生活飲食習慣、自身健康狀態改變這三大類因素引發的。

　　1 藥物因素影響。這是臨床上菌群失調最常見的誘因，長期大劑量使用廣譜抗生素時，藥物在殺滅有害致病菌的也會無差別殺死對人體有益的共生菌，直接打破菌群原本的數量和比例平衡；除此之外，長期使用糖皮質激素、免疫抑制劑、化療藥物等，也會改變局部微環境，抑制有益菌生長，誘發菌群失調。

　　2 不良生活飲食習慣。長期吃高糖、高脂、低膳食纖維的飲食，會因為有益菌生長所需的膳食纖維攝入不足，導致有益菌增殖受限，而適合高油糖環境的有害菌會趁機大量繁殖；除此之外，長期熬夜、煙酒過度、久坐不動，或是私密部位過度清潔沖洗（比如頻繁用殺菌洗液沖陰道），都會沖刷掉保護局部的有益菌群，打亂菌群平衡。

　　3 自身健康狀態改變。年齡增長會自然降低體內有益菌的豐度，本身就更容易出現菌群失調；存在糖尿病、慢性腸胃病、自身免疫病等基礎病，或是免疫力低下的人群，局部的pH值、免疫環境本來就異于健康狀態，更容易讓條件致病菌過度繁殖；長期精神壓力過大、妊娠等特殊階段帶來的內分泌改變，也會影響菌群穩定，誘發菌群失調。