菌落呈臍窩狀的細菌通常是屬于革蘭氏陽性菌中的一個亞門——產球菌目（Staphylococcales）。其中最常見的是金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus），它是一種常見的人體表面共生菌，在皮膚和鼻黏膜中都有分布。其他也有產臍菌屬（Staphylococcus epidermidis）、淋球菌屬（Staphylococcus saprophyticus）等。這些菌落呈臍窩狀的特征是由它們的細胞分裂方式決定的，它們通過產生分泌物和聚集在一起形成類似于葡萄的結構，俗稱為“球狀菌”。這種特殊的菌落形態在鑒定細菌時具有重要意義。