腸道菌群失調會對腸道產生直接影響。腸道菌群失調可能導致腸壁屏障功能降低，從而使細菌和其他代謝產物通過腸壁進入血液循環，引發炎癥反應。腸道菌群失調還可能導致消化問題、免疫系統紊亂、營養吸收問題，以及其他與腸道相關的健康問題。腸道菌群失調的影響最先體現在腸道上。